Filho:
Miguel da Paz (1498-1500)
presumível herdeiro das Coroas de Portugal, Castela e Aragão
Cônjuge:
Segundo matrimónio, com a sua cunhada Maria de Aragão
infanta de Espanha (1482-1517), a 30 de Outubro de 1500
Filhos:
João III, rei de Portugal (1502-1557)
- Isabel de Portugal (1503-1539),
casada com Carlos V, Imperador da Alemanha
- Beatriz de Portugal, Duquesa de Saboia (1504-1538)
casada com Carlos III, Duque de Saboia
- Luís, Duque de Beja (1506-1555), condestável do Reino
e Prior da Ordem de S. João de Jerusalém,
pai do polémico D. António, prior do Crato
- Fernando, Duque da Guarda (1507-1534),
casado com Guiomar Coutinho, Condessa de Marialva
- Afonso de Portugal, cardeal (1509-1540),
arcebispo de Évora e de Lisboa.
- Maria de Portugal (1511-1513)
- Cardeal Henrique, rei de Portugal (1512-1580),
cardeal, arcebispo de Braga, de Évora e de Lisboa,
Inquisidor Geral, regente do reino e rei;
- Duarte, Duque de Guimarães (1515-1540),
casado com Isabel de Bragança,
bisavô de João IV de Portugal
- António de Portugal (1516) que viveu poucos dias
Cônjuge:
Terceiro matrimónio, com Leonor da Áustria (1498-1558),
infanta de Espanha, irmã do imperador Carlos V
Filhos:
Carlos de Portugal (1520-1521)
Maria de Portugal (1521-1577)
famosa como a mais culta das infantas